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东南大学数学学科的历史沿革和东南大学的发展紧密相连。虽然在不同的历史阶段具有不同的名称，数学系是东南大学自1902年建校开始就成立的一个具有悠久历史的系科。
1903年9月，三江师范学堂挂牌开办。1904年招生开学。学堂所设的四个学科之一就是理化科（后称理化数学部）。1914年8月，在两江师范学堂原址筹建南京高等师范学校，学校设8个科，其中文理科包含了8个系（图文系，英文系，哲学系，历史系，数学系，物理系，化学系）。1920年4月，郭秉文在校务会上提出，在南京高等师范的基础上创办一所国立大学议案。1921年7月13日，教育部核准《东南大学组织大纲》。8月27日，教育部核准郭秉文博士任东南大学校长。学校下设6个学科31个系，数学系成为理科的四个系之一，当年从欧洲学成回国的著名数学家熊庆来先生任系主任。国立中央大学于1928年4月24日成立。在抗战前的国立中央大学(1928-1937)，数学系成为理学院的六个系之一。在抗日时期的中央大学(1937-1939)，理学院调整为7个系，数学系仍是其中之一。1940-1945，学校更名为南京中央大学，数学系更名为数理系，属于理工学院。抗战胜利后的中央大学(1945-1949),
重新设立理学院，数学系是其中的8个系之一。
1952年全国院系调整，在中央大学本部的原址建立了南京工学院，学校把所有基础学科合并成立基础课系。1977年全国恢复高考后，当时的基础科学系即开始招收本科生，称为数学师资班。1982年开始招收硕士研究生。1984年成立数学力学系，1997年力学专业分出（并入土木工程学院），改名为应用数学系。2002年改名为数学系。
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东南大学数学系历任领导名录 |
| 1977年 |
基础科学系 |
- |
- |
- |
邢瑞荣
闫峰高 |
| 1978年-1979年 |
基础科学系 |
马遵廷 |
鲍恩湛
陆仲熹 |
栾 滨 |
邢瑞荣
闫峰高 |
| 1980年 |
基础科学系 |
马遵廷 |
鲍恩湛
王华堂
刘润生 |
栾 滨 |
邢瑞荣
闫峰高 |
| 1981年 |
基础科学系 |
鲍恩湛 |
恽 瑛
王华堂
刘润生 |
栾 滨 |
闫峰高 |
| 1982年 |
基础科学系 |
鲍恩湛 |
恽 瑛
王华堂 |
栾 滨 |
闫峰高
高松坡 |
| 1983年 |
基础科学系 |
鲍恩湛 |
王佩伦
袁慰平 |
胡康宗 |
高松坡 |
| 1984年-1989年 |
数学力学系 |
诸关炯 |
王佩伦
袁慰平 |
高松坡 |
吉联芳 |
| 1990年-1993年 |
数学力学系 |
王元明 |
宋柏生
杨汉国
杨素萍 |
高松坡 |
杨素萍 |
| 1994年 |
数学力学系 |
王元明 |
杨汉国
管 平
杨素萍 |
高松坡 |
杨素萍 |
| 1995年 |
数学力学系 |
王元明 |
杨汉国
管 平
郭小明 |
陈湘才 |
郭小明 |
| 1996年 |
数学力学系 |
王明新 |
杨汉国
管 平
李兆霞
彭 龙
郭小明 |
陈湘才 |
郭小明 |
| 1997年 |
应用数学系 |
王明新 |
管 平
彭 龙
毛惠良
郭小明 |
陈湘才 |
- |
| 1998年 |
应用数学系 |
王明新 |
管 平
董梅芳
毛惠良 |
陈湘才 |
管 平 |
| 1999年 |
应用数学系 |
王明新 |
毛惠良
董梅芳
陈建龙 |
管 平 |
- |
| 2000年 |
应用数学系 |
陈建龙 |
毛惠良
李 冲
董梅芳
薛星美 |
管 平 |
- |
| 2001年 |
应用数学系 |
陈建龙 |
李 冲
董梅芳
薛星美
王 强
毛惠西 |
管 平 |
王 强
毛惠西 |
| 2002年 |
应用数学系 |
陈建龙 |
李 冲
董梅芳
薛星美
毛惠西 |
管 平 |
毛惠西 |
| 2003年 |
应用数学系 |
陈建龙 |
毛惠西
董梅芳
薛星美 |
管 平 |
毛惠西 |
| 2004年 |
应用数学系 |
陈建龙 |
董梅芳
薛星美
张福保
毛惠西 |
管 平 |
毛惠西 |
| 2005年 |
应用数学系 |
陈建龙 |
杨 蕙
董梅芳
薛星美
张福保 |
管 平 |
杨 蕙 |
| 2006年-2007年 |
应用数学系 |
陈建龙 |
杨 蕙
董梅芳
薛星美
张福保 |
江建中 |
杨 蕙 |
| 2008年-2009年 |
数学系 |
陈建龙 |
杨 蕙
董梅芳
薛星美
张福保 |
江建中 |
杨 蕙 |
| 2010年 |
数学系 |
刘继军 |
薛星美
林金官
陈文彦
宋晓燕 |
江建中 |
宋晓燕 |
| 2011年 |
数学系 |
刘继军 |
薛星美
林金官
陈文彦
宋晓燕 |
李 涛 |
宋晓燕 |
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