东南大学数学学科的历史沿革和东南大学的发展紧密相连。虽然在不同的历史阶段具有不同的名称,数学系是东南大学自1902年建校开始就成立的一个具有悠久历史的系科。 
  1903年9月,三江师范学堂挂牌开办。1904年招生开学。学堂所设的四个学科之一就是理化科(后称理化数学部)。1914年8月,在两江师范学堂原址筹建南京高等师范学校,学校设8个科,其中文理科包含了8个系(图文系,英文系,哲学系,历史系,数学系,物理系,化学系)。1920年4月,郭秉文在校务会上提出,在南京高等师范的基础上创办一所国立大学议案。1921年7月13日,教育部核准《东南大学组织大纲》。8月27日,教育部核准郭秉文博士任东南大学校长。学校下设6个学科31个系,数学系成为理科的四个系之一,当年从欧洲学成回国的著名数学家熊庆来先生任系主任。国立中央大学于1928年4月24日成立。在抗战前的国立中央大学(1928-1937),数学系成为理学院的六个系之一。在抗日时期的中央大学(1937-1939),理学院调整为7个系,数学系仍是其中之一。1940-1945,学校更名为南京中央大学,数学系更名为数理系,属于理工学院。抗战胜利后的中央大学(1945-1949), 重新设立理学院,数学系是其中的8个系之一。 
  1952年全国院系调整,在中央大学本部的原址建立了南京工学院,学校把所有基础学科合并成立基础课系。1977年全国恢复高考后,当时的基础科学系即开始招收本科生,称为数学师资班。1982年开始招收硕士研究生。1984年成立数学力学系,1997年力学专业分出(并入土木工程学院),改名为应用数学系。2002年改名为数学系,2017年1月改名为数学学院。
东南大学数学学院历任领导名录
年 份院名/系名院长/主任副院长/副主任书 记副书记
1977年基础科学系---邢瑞荣
闫峰高
1978年-1979年基础科学系马遵廷鲍恩湛
陆仲熹
栾 滨邢瑞荣
闫峰高
1980年基础科学系马遵廷鲍恩湛
王华堂
刘润生
栾 滨邢瑞荣
闫峰高
1981年基础科学系鲍恩湛恽 瑛
王华堂
刘润生
栾 滨闫峰高
1982年基础科学系鲍恩湛恽 瑛
王华堂
栾 滨闫峰高
高松坡
1983年基础科学系鲍恩湛王佩伦
袁慰平
胡康宗高松坡
1984年-1989年数学力学系诸关炯王佩伦
袁慰平
高松坡吉联芳
1990年-1993年数学力学系王元明宋柏生
杨汉国
杨素萍
高松坡杨素萍
1994年数学力学系王元明杨汉国
管 平
杨素萍
高松坡杨素萍
1995年数学力学系王元明杨汉国
管 平
郭小明
陈湘才郭小明
1996年数学力学系王明新杨汉国
管 平
李兆霞
彭 龙
郭小明
陈湘才郭小明
1997年应用数学系王明新管 平
彭 龙
毛惠良
郭小明
陈湘才-
1998年应用数学系王明新管 平
董梅芳
毛惠良
陈湘才管 平
1999年应用数学系王明新毛惠良
董梅芳
陈建龙
管 平-
2000年应用数学系陈建龙毛惠良
李 冲
董梅芳
薛星美
管 平-
2001年应用数学系陈建龙李 冲
董梅芳
薛星美
王 强
毛惠西
管 平王 强
毛惠西
2002年应用数学系陈建龙李 冲
董梅芳
薛星美
毛惠西
管 平毛惠西
2003年应用数学系陈建龙毛惠西
董梅芳
薛星美
管 平毛惠西
2004年应用数学系陈建龙董梅芳
薛星美
张福保
毛惠西
管 平毛惠西
2005年应用数学系陈建龙杨 蕙
董梅芳
薛星美
张福保
管 平杨 蕙
2006年-2007年应用数学系陈建龙杨 蕙
董梅芳
薛星美
张福保
江建中杨 蕙
2008年-2009年数学系陈建龙杨 蕙
董梅芳
薛星美
张福保
江建中杨 蕙
2010年数学系刘继军薛星美
林金官
陈文彦
宋晓燕
江建中宋晓燕
2011年数学系刘继军薛星美
林金官
陈文彦
宋晓燕
李 涛宋晓燕
2012年数学系刘继军薛星美
林金官
陈文彦
曹海燕
李 涛曹海燕
2013年数学系刘继军薛星美
林金官
陈文彦
曹海燕
李 涛曹海燕

2014年11月-2015年4月  

数学系曹进德陈文彦
曹海燕
虞文武
林金官
李    涛曹海燕

2015年4月-2016年6月  

数学系曹进德陈文彦
曹海燕
虞文武
林金官
吴映红曹海燕

2016年7月-2016年12月  

数学系曹进德陈文彦
曹海燕
虞文武
李玉祥
吴映红曹海燕

2017年1月-至今  

数学学院曹进德陈文彦
曹海燕
虞文武
李玉祥
吴映红曹海燕