 东南大学数学学科的历史沿革和东南大学的发展紧密相连。虽然在不同的历史阶段具有不同的名称，数学系是东南大学自1902年建校开始就成立的一个具有悠久历史的系科。 1903年9月，三江师范学堂挂牌开办。1904年招生开学。学堂所设的四个学科之一就是理化科（后称理化数学部）。1914年8月，在两江师范学堂原址筹建南京高等师范学校，学校设8个科，其中文理科包含了8个系（图文系，英文系，哲学系，历史系，数学系，物理系，化学系）。1920年4月，郭秉文在校务会上提出，在南京高等师范的基础上创办一所国立大学议案。1921年7月13日，教育部核准《东南大学组织大纲》。8月27日，教育部核准郭秉文博士任东南大学校长。学校下设6个学科31个系，数学系成为理科的四个系之一，当年从欧洲学成回国的著名数学家熊庆来先生任系主任。国立中央大学于1928年4月24日成立。在抗战前的国立中央大学(1928-1937)，数学系成为理学院的六个系之一。在抗日时期的中央大学(1937-1939)，理学院调整为7个系，数学系仍是其中之一。1940-1945，学校更名为南京中央大学，数学系更名为数理系，属于理工学院。抗战胜利后的中央大学(1945-1949), 重新设立理学院，数学系是其中的8个系之一。 1952年全国院系调整，在中央大学本部的原址建立了南京工学院，学校把所有基础学科合并成立基础课系。1977年全国恢复高考后，当时的基础科学系即开始招收本科生，称为数学师资班。1982年开始招收硕士研究生。1983年成立数学力学系，1997年力学专业分出（并入土木工程学院），改名为应用数学系。2002年成立数学系，2017年1月改名为数学学院。 |
 | 东南大学数学学院历任领导名录 |
| 年 份 | 院名/系名 | 院长/主任 | 副院长/副主任 | 书 记 | 副书记 |
| 1977年 | 基础科学系 | - | - | - | 邢瑞荣 闫峰高 |
| 1978年-1979年 | 基础科学系 | 马遵廷 | 鲍恩湛 陆仲熹 | 栾 滨 | 邢瑞荣 闫峰高 |
| 1980年 | 基础科学系 | 马遵廷 | 鲍恩湛 王华堂 刘润生 | 栾 滨 | 邢瑞荣 闫峰高 |
| 1981年 | 基础科学系 | 鲍恩湛 | 恽 瑛 王华堂 刘润生 | 栾 滨 | 闫峰高 |
| 1982年 | 基础科学系 | 鲍恩湛 | 恽 瑛 王华堂 | 栾 滨 | 闫峰高 高松坡 |
| 1983年 | 基础科学系 | 鲍恩湛 | 王佩伦 袁慰平 | 胡康宗 | 高松坡 |
| 1984年-1989年 | 数学力学系 | 诸关炯 | 王佩伦 袁慰平 | 高松坡 | 吉联芳 |
| 1990年-1993年 | 数学力学系 | 王元明 | 宋柏生 杨汉国 杨素萍 | 高松坡 | 杨素萍 |
| 1994年 | 数学力学系 | 王元明 | 杨汉国 管 平 杨素萍 | 高松坡 | 杨素萍 |
| 1995年 | 数学力学系 | 王元明 | 杨汉国 管 平 郭小明 | 陈湘才 | 郭小明 |
| 1996年 | 数学力学系 | 王明新 | 杨汉国 管 平 李兆霞 彭 龙 郭小明 | 陈湘才 | 郭小明 |
| 1997年 | 应用数学系 | 王明新 | 管 平 彭 龙 毛惠良 郭小明 | 陈湘才 | - |
| 1998年 | 应用数学系 | 王明新 | 管 平 董梅芳 毛惠良 | 陈湘才 | 管 平 |
| 1999年 | 应用数学系 | 王明新 | 毛惠良 董梅芳 陈建龙 | 管 平 | - |
| 2000年 | 应用数学系 | 陈建龙 | 毛惠良 李 冲 董梅芳 薛星美 | 管 平 | - |
| 2001年 | 应用数学系 | 陈建龙 | 李 冲 董梅芳 薛星美 王 强 毛惠西 | 管 平 | 王 强 毛惠西 |
| 2002年 | 数学系 | 陈建龙 | 李 冲 董梅芳 薛星美 毛惠西 | 管 平 | 毛惠西 |
| 2003年 | 数学系 | 陈建龙 | 毛惠西 董梅芳 薛星美 | 管 平 | 毛惠西 |
| 2004年 | 数学系 | 陈建龙 | 董梅芳 薛星美 张福保 毛惠西 | 管 平 | 毛惠西 |
| 2005年 | 数学系 | 陈建龙 | 杨 蕙 董梅芳 薛星美 张福保 | 管 平 | 杨 蕙 |
| 2006年-2007年 | 数学系 | 陈建龙 | 杨 蕙 董梅芳 薛星美 张福保 | 江建中 | 杨 蕙 |
| 2008年-2009年 | 数学系 | 陈建龙 | 杨 蕙 董梅芳 薛星美 张福保 | 江建中 | 杨 蕙 |
| 2010年 | 数学系 | 刘继军 | 薛星美 林金官 陈文彦 宋晓燕 | 江建中 | 宋晓燕 |
| 2011年 | 数学系 | 刘继军 | 薛星美 林金官 陈文彦 宋晓燕 | 李 涛 | 宋晓燕 |
| 2012年 | 数学系 | 刘继军 | 薛星美 林金官 陈文彦 曹海燕 | 李 涛 | 曹海燕 |
| 2013年 | 数学系 | 刘继军 | 薛星美 林金官 陈文彦 曹海燕 | 李 涛 | 曹海燕 |
2014年11月-2015年4月 | 数学系 | 曹进德 | 陈文彦 曹海燕 虞文武 林金官 | 李 涛 | 曹海燕 |
2015年4月-2016年6月 | 数学系 | 曹进德 | 陈文彦 曹海燕 虞文武 林金官 | 吴映红 | 曹海燕 |
2016年7月-2016年12月 | 数学系 | 曹进德 | 陈文彦 曹海燕 虞文武 李玉祥 | 吴映红 | 曹海燕 |
2017年1月-2019年6月 | 数学学院 | 曹进德 | 陈文彦 曹海燕 虞文武 李玉祥 | 吴映红 | 曹海燕 |
2019年6月-2020年4月 | 数学学院 | 曹进德 | 王小六 曹海燕 虞文武 曹婉容 | 吴映红 | 曹海燕 |
2020年5月-2023年10月 | 数学学院 | 曹进德 | 王小六 钟 辉 虞文武 曹婉容 | 吴映红 | 钟 辉 |
2023年10月-至今 | 数学学院 | 虞文武 | 王小六 钟 辉 曹婉容 | 吴映红 | 钟 辉 |
